A mexikói politikai élet a függetlenség után két prominens pártra osztható. Az egyik párt tagjai voltak a konzervatívok a másik pedig a liberalista párt. A pártok tagjait nem lehet egy érteleműen társadalmi szerepek mentén, illetve etnikai csoportok között.

A pártok tagsága nem csak etnikai hanem földrajzi elhelyezkedésük is befolyásolták. Az 1850-es évesekben a liberális párttagság gerincét középosztály béli, illetve katona tiszti háttérrel rendelkező meszticek adták, akik 40 éves kor alatt voltak és Mexikó északi és középső részéből valók voltak. A párt tagsága ellenezte a királyságot, mint intézményt, mert azt a fejlődés akadályának tekintették. A párt erősen antiklerikális programmal rendelkezett. Legfőbb program pontjuk az egyházi földek államosítása volt, amellyel széles tömegeket tudtak megnyerni a pártjuknak.

A konzervatív párt ellenben a királyság intézményében és a Katolikus Egyházban a stabilitás bástyáit látták, amelyek a koloniális múltban a dicső múltat vélték felfedezni és céljuknak annak újbóli elérését tekintették. Támogatói kreol háttérű katonatisztek, bürokraták, illetve városi elit tagjai a főpapsággal együtt tartoztak.

Érdemes megjegyezni, hogy a politizálás csak a felsőbb kiváltsága volt Mexikóban, ezért tagságban nem voltak munkások és parasztok.

E két párt harcolt Mexikó irányításáért egymással.1824 és 1863 között ötven kormány követte egymást. Sokszor katonai junta vagy diktatúra formájában. A hadsereg szerepe ebben a zűrzavaros időszakban felértékelődött és párt fordulásaikkal sokszor buktattak meg kormányokat. Ezt a zűrzavart használta ki a terjeszkedő Egyesült Államok, amely Texas állam Mexikóból való kiválása után 1846-48 között óriási területeket foglalt el Mexikótól.

1855-ben a liberalisták megszerezték a kormányzást és nagyszabású reformokat vezettek be. Az egyházi esküvőket felváltotta a polgári, a válás intézményét is törvényileg bevezették, az egyházi törvénykezés jogköreit szűkítették. 1856-ban az Egyház földeket többé nem birtokolhatott, illetve az Egyház többé ajándékokat (föld formájában) se fogadhatott el. A törvény célja az Egyház gazdasági eröjének megszüntetése Mexikóban.  

1857-ben a kormány megalkotta az ország új alkotmányát. Az első 34 cikkelyben megfogalmazták a szabadságokat (szólásszabadság, a törvény előtti egyenlőséget, sajtószabadságot), nemesi előjogok megszüntetését és a rabszolgaság eltörlését. Ami viszont teljesen hiányzott az alkotmányból a vallással kapcsolatos pontok. Ugyanis nem tartalmazott vallásszabadságról szóló pontot és nem volt megfogalmazva Mexikó hivatalos vallása sem. Az előző két törvény és az új alkotmány után a mexikói főpapság Mexikó keresztény gyökerei elleni támadásnak ítélték meg az intézkedéseket, ezért a konzervatívok cselekedni kényszerültek a liberalista kormány ellen. 1857 decemberében a konzervatívok puccsot hajtottak végre és a következő év januárjában konzervatív kormánya alakult meg. Az év elején az elüldözött elnök Benito Juarez kikiáltotta liberalista kormányát Veracruz városában, amíg a konzervatív kormány Mexikóvárosban székelt. A Reform háború elkezdődött. A polgárháború során a liberalisták papokat gyilkoltak, templomokat gyújtottak fel és szent ereklyéket tettek tönkre. A konzervatívok rabokat végeztek ki, liberálisok vagyonát fogalták le vagy gyújtották fel. Végül 1861-ben a liberalisták megnyerték a háborút és Juárezt megválasztották elnöknek.

Juarézt megválasztották ugyan, de az országban még akadtak konzervatív ellenállási gócok, amelyeket az új mexikói kormány nem tudott felszámolni. A másik probléma financiális jellegű volt, ugyanis Mexikó a zűrzavaros évtizedek alatt teljesen eladósodott külföldi befektetőknek. 1861-ben az ország adóssága 82 millió peso volt. Három legnagyobb hitelezője: Franciaország (Második Francia Birodalom), Nagy-Britannia és a Spanyol Királyság.